めだかボックスの箱庭

百町破魔矢（ひゃくちょうはまや）

百町破魔矢は二年十三組在籍の「十三組の十三人（サーティーンパーティー）」の一人、験体名は「初恋（ラヴ）」。「十三組の十三人」の中では別格の異端児と言われる「裏の六人（プラスシックス）」の一人で、その「裏の六人」の中でも糸島と並んで格の違う雰囲気を出すリーダー格。

湯前音眼は二年十三組在籍の「十三組の十三人（サーティーンパーティー）」の一人、験体名は「宙ぶらりん（フリーワールド）」。「十三組の十三人」の中では別格の異端児と言われる「裏の六人（プラスシックス）」の一人である。

鶴御崎山海は二年十三組在籍の「十三組の十三人（サーティーンパーティー）」の一人、験体名は「占領役者（スターマスター）」。「十三組の十三人」の中でも別格の異端児と言われる「裏の六人（プラスシックス）」の一人。

上峰書子は三年十三組在籍の「十三組の十三人（サーティーンパーティー）」の一人。験体名は「食虫食物（デンタルシューズ）」。「十三組の十三人」の中でも別格の異端児と言われる「裏の六人（プラスシックス）」の一人。

黒神真黒は黒神家の長男でめだかの兄、妹によく似た容姿を持つ黒い長髪の美男子、18歳。元箱舟中学第66代生徒会執行部書記であり、通称「軍艦塔（ゴーストバベル）」である箱庭学園旧校舎の管理人。

三年－十三組に名門である水槽学園から転校してきた男子高校生。取り立てて特徴のないどこにでもいる学ランを着た平凡な姿をしている。口癖は『また勝てなかった』、『僕は悪くない』で台詞には常に『』がついている。

一年－十三組に転校してきた過負荷（マイナス）の少女。セミロングに大きなリボンと非常にお嬢様然とした容貌を持っているが、触れたものを腐らせる「荒廃した腐花（ラフラフレシア）」と言う凶悪な過負荷（マイナス）を持っている。

一年－十三組に転校してきた過負荷（マイナス）の女子生徒。セーラー服を着崩した一昔前のヤンキーのような格好をしており、見た目からも分かるように非常に好戦的且つ凶暴な性格をしている。

フラスコ計画立案者にして箱庭学園の創始者。普通（ノーマル）も異常（アブノーマル）も過負荷（マイナス）すら全て平等にする悪平等（ノットコール）の少女。本来は黒の長髪だがある事情によって白髪に全身に螺子を埋め込まれた姿で度々登場する。

安心院なじみと共に転校してきた悪平等（ノットイコール）の青年。初登場時から登場時は常に背中を見せた不動の状態で、顔を見せなかった。安心院曰く「ただそこにいるだけの人外」であり、その名の通りただそこにいるだけで自分から何一つ行動をすることはなかった。