鰐塚処理は潜水艦中学二年五組に在籍する女子中学生、13歳。長い黒髪をポニーテールにし、左目に眼帯をつけ、軍人のように「～であります」と話す。銃火器を常に持ち歩いており、リボルバー式の拳銃を癖なのか銃口をよく口に入れている。
財部依真 （たからべ いま）
財部依真は一枡女子中三年一組に在籍する女子中学生。金髪の小柄な少女で、ベレー帽を被り赤縁の眼鏡をしている。喋るときは「本音と建前の線引き」に気を付けているらしく本音が線引きされながらも吹き出しに漏れている。
希望が丘水晶（きぼうがおか すいしょう）
聖カーゴ女学院1年梅組の女子生徒、アンドロイド。大きな耳当てのような機械の部品を身に着けている少女で、顔以外の手足はメカチックな風体をしている。初登場はめだかの後継者候補を選別する体験入学会において球磨川の言葉に折れずに最後まで残った五人の一人。
与次郎次葉（よじろう つぎは）
与次郎次葉は缶詰中学3年D組の女子生徒。リボンで二つ結びした髪に、普通の制服を着た候補者五人の中において最も平凡な見た目をした少女である。初登場はめだかの後継者候補を選別する体験入学会において球磨川の言葉に折れずに最後まで残った五人の一人。
鍋島猫美（なべしま ねこみ）
鍋島猫美は特別体育科である三年十一組に在籍する女子高生。物語開始当初は柔道部の部長として活動し、阿久根高貴が生徒会に入るように諭した人物。猫のような糸目に癖っ毛のあるショートヘアが特徴で、人懐っこい気さくな性格に関西弁の口調も相まって親しみやすい人間だが、「卑怯」、「反則」をモットーとする「反則王」の異名を持つ。
雲仙冥加（うんぜん みょうが）
雲仙冥加は一年十三組に在籍する女子生徒で風紀委員長である雲仙冥利の実の姉。弟が飛び級しているため弟よりも学年は下で、登校義務がない十三組の生徒であるため基本引きこもっている。メイド服のようなエプロンドレスを着て、重量100㎏の鉄球を常にいくつも持ち歩いている小柄な少女。
牛深柄春（うしぶか がらはる）
牛深柄春は三年十三組に在籍する男子生徒。ピアスをした今時の若者風の格好をしており、道路標識である一時停止の看板を手に持っている。普段は登校義務のない十三組であるため登校していないようだが、十三組には三学年合わせて100人以上在籍していると語られている。
完成（ジ エンド）
完成（ジ エンド）は黒神めだかの持つ異常性（アブノーマル）。見たり聞いたりするだけ、又聞きしただけで技能・能力を己のものとして習得することが可能で、このスキルにより後天的に他人の才能・技能を自在に使いこなし、さらにその上をいくように能力を完成させることができる。
五本の病爪(ファイブ・フォーカス)
五本の病爪(ファイブ・フォーカス)は赤 青黄（あか あおき）が使用する、極めてレアな広域殲滅型の能力。安心院から借り受けた一京分の一のスキルである。安心院から任されている使命は箱庭学園から死人出さない事。ちなみに過去に一度だけ死亡者が出たことがあったらしい。
手のひら孵し(ハンドレット・ガントレッド)
手のひら孵し(ハンドレット・ガントレッド)は安心院なじみの一京分の一のスキル。事象の卵細胞化を図るスキル。つまりある事象の起こったその結果を原因にまで逆流させるスキル。因果に関係するスキルなので意味合いとしては「はじまりの負過荷」ならぬ「はじまりのスキル」とも解釈できる。