黒神めだかは本作のヒロインであり、主人公。長い黒髪に凛々しい顔立ちをした高校1年生の美少女。恵まれた容姿に加え、頭脳明晰で優れた身体能力を持つ完璧人間で、高校1年生でありながら98%の支持率を受けて箱庭学園の生徒会長になるほどのカリスマを持つ。
メインキャラクター
人吉善吉（ひとよし ぜんきち）
人吉善吉は本作のもう一人の主人公である高校1年生。生徒会での役職は庶務。黒神めだかがヒーローだとすると人吉善吉は平凡な主人公とも言うべき存在。行動の基本にはめだかの役に立ちたいと言う欲求があり、そのためには多大な努力を行い時にはめだかの害になる存在を裏で処理することもある。
不知火半袖（しらぬい はんそで）
不知火半袖は箱庭学園理事長不知火袴で人吉の同級生の少女。年齢に比べて幼い風貌だが見た目にそぐわぬほどの大食漢で常に食べ物を持ち歩き食べている。
阿久根高貴（あくね こうき）
阿久根高貴は特別体育科である2年11組所属の高校2年生、柔道の腕前は全国に通用するレベルで特待生として在籍している。生徒会での役職は書記で見目麗しい容貌から「柔道界のプリンス」とも呼ばれる。
喜界島もがな
喜界島もがな は1年11組所属、水泳部の特待生の少女。ポニーテールに大きな水色のリボンが特徴的な眼鏡少女で、性格は物静かな風に見えて金にがめつい性格。水中運動会で生徒会と対決した際、会計能力に目を付けられ日給320円で生徒会会計に任命された。
黒神くじら
黒神くじらは黒神家の長女でめだかの姉、めだかに似た風貌の美少女であるが若干目つきが鋭い。登場当初は名瀬夭歌と名乗り顔全体に包帯を巻き素顔が分からない状態だった。
虎居砕（とらい くだき）
虎居砕は善吉が生徒会長となった第百代生徒会に置いて庶務を務める二年十組所属の少女、見た目は長い黒髪をまとめて一本にしている眼鏡少女。個性的な面々が多い箱庭学園の生徒会において大人しく地味な印象の女の子で、性格も礼儀正しく真面目。