黒神めだかは本作のヒロインであり、主人公。長い黒髪に凛々しい顔立ちをした高校1年生の美少女。恵まれた容姿に加え、頭脳明晰で優れた身体能力を持つ完璧人間で、高校1年生でありながら98%の支持率を受けて箱庭学園の生徒会長になるほどのカリスマを持つ。
そのカリスマ性の裏には「見知らぬ他人のために生まれてきた」という信条があり、どんな不良相手にも歪んでしまったのには理由があるという上から目線性善説支持者。
ただし一方で他人、特に凡人には理解できない思考回路の持ち主で人吉等、他の生徒会メンバーを呆れさせることもしばしば。
特に露出癖の気があり、異性の目があっても平気で着替えたり、露出の多い服を着たりと困った性格。
またキス魔でもあり、彼女の身近な人間は男女例外なく被害にあっているとは幼馴染の人吉談。また、動物だけは苦手としているがこれは動物が怖いからではなく、逆に動物に怖がられることによって傷つく為である。
能力
数々の能力を持つ黒神めだかだが、そんな彼女の完璧さは生まれながらの異常性の発露とも言われている。異常（アブノーマル）の代表であり生まれながらの王者である都城王土をして化け物と称せられるほどだ。
彼女の異常性「完成（ジ・エンド）」は他人の能力を学習し、本来の持ち主より使いこなす能力として発現する。
その異常性から幼少期の黒神めだかは他人の心が分からず過ごしていたが、人吉と知り合い「みんなを幸せにするために生まれてきた」と言う彼の言葉によって救われた。
彼女の「見知らぬ他人のために生まれてきた」という信条はこの時生まれ、以降、人吉は彼女にとって特別な存在となっている。
交友関係
交友関係は幅広く3年の鍋島や日之影など学年に囚われない人脈を持つ。また不良の門司たちからも一度は敵対したものの事件が解決した後は慕われており、基本的にどんな人間とも交友を持つ。
ただし一方で恋愛関係では常人とは違った価値観を持っている。幼少期から特別な存在である人吉と恋愛関係にならないのは、幼少期の人吉に振られた所為と言うめだかの天然が炸裂している為だったりする。
異常性（アブノーマル）
完成（ジ エンド）
他人の能力を学習し、本来の持ち主より使いこなす能力。極めて強力である反面、他人が1から積み上げたものを見様見真似で本人より上手で使えるもので努力の否定に繋がってしまう。
実際に黒神めだかの幼少の頃に、数学者が長年を悩んでいた数式を親切心で解いた直後に数学者は辞表を出している。
スキル
動物避け
黒神めだかの圧倒的な能力に動物は危機感を感じ例外なく怯えられてしまう。しかも当人は動物好きであるため、嫌われる度に落ち込んでしまう。
