黒神真黒は黒神家の長男でめだかの兄、妹によく似た容姿を持つ黒い長髪の美男子、18歳。元箱舟中学第66代生徒会執行部書記であり、通称「軍艦塔（ゴーストバベル）」である箱庭学園旧校舎の管理人。
見た目に反してどこに出しても恥ずかしい変態であり、博愛主義者であるめだかすら思わず本気で殴る程のシスコン。部屋の中はめだかの写真で埋め尽くされており、事あるごとにめだかにセクハラしたりコスプレさせようとしたりしている。
幼少時の黒神真黒は突出したもののない平凡な子供だったらしいが、中学時代に「解析（アナリシス）」の異常性（アブノーマル）を発現している。人吉曰く、黒神真黒もめだかとは違う意味で人のために生まれてきた人間らしい。
フラスコ計画
黒神真黒は人を育てることに生き甲斐を見ており、人工的に天才を作り出す「フラスコ計画」も彼にとって興味の対象だった。
行方不明中のもう一人の妹である黒神くじらを探すためという理由も手伝い「フラスコ計画」に統括と言う役職で参加するものの実験内容の余りのひどさに途中で辞めている。
その際に計画を抜ける代償として自らの内臓の大部分を実験材料として提供し、以降日常生活にも支障が出ている。
人吉善吉との関係
めだかの幼馴染である人吉に対してはめだかの側にいるには余りに普通すぎると警告していた。しかし、その言葉の所為で人並み外れた努力を行い、めだかに並び立とうとしている人吉を見て後悔している。
そのため人吉とめだかが対立した際には敢えて妹と対立する人吉の側に立っている。
異常性（アブノーマル）
解析（アナリシス）
対象の状態を解析する能力で、個人レベルから経済レベルまで幅広く応用の利くスキルである。彼はこの能力で13歳から実家の企業のコンサルティングを担当し、数々のマネージメントを請け負ってきた。
