フラスコ計画とは一言でいえば人工的に「完全な人間をつくる」計画のこと。「異常（アブノーマル）」はほとんど生まれつきなものなため、常人では故意に途中から発生させるということはできない。
その常人では持ち得ない「異常」を常人に植えつけ「異常（完全）」である人間を人工的に作り出すこと。その「異常」を副作用なしで発生させようという研究がなされている。そして、真の目的は『全員押並べて平等な世の中を作ること』である。
箱庭学園の前駆である黒箱塾のころ、その創立者でもある安心院なじみによって発案されたプロジェクト。ただ、安心院なじみにとっては『この計画は悲願ではあるが自分にできないことをやるという為だけの計画』といった思いの計画であるようだ。
指針と成果
作中、フラスコ計画統括者・名瀬夭歌は、「普通」であり自らの親友である古賀いたみの体を改造し、駆動時間が短いという致命的な弱点を克服はできていないものの、「異常」と言わしめるまでの身体能力を持たせることに成功している。
「現在箱庭学園に通う全校生徒彼等を犠牲にフラスコ計画は完成する」つまり、全校生徒の命を代償とするといった指針であった。
十三組の十三人（サーティン・パーティ）編では、フラスコ計画を知っためだか達が本拠地である時計台地下に乗り込みにいく。
フラスコ計画には、箱庭学園だけでなく、世界中の研究員が、開発や協力をしており、世界中が動くほどの費用がかかっている。
健康的フラスコ計画
第100回の生徒会選挙で善吉が勝利したことによりめだかの名のもとに凍結されていたフラスコ計画は再稼働する。
ただし今度は非人道的な実験行為を排除した「健康的フラスコ計画」として再開された。統括には再び黒神真黒と名瀬夭歌が就任し、生徒会執行部の管理と監査を受けることになった。
その後、被験者の一人である虎居砕が第100代生徒会庶務に就任している。
