箱庭学園はめだか達が通う学校。不知火半袖の祖父、不知火 袴(72歳)が箱庭学園理事長を務めている。表向きは私立高校であるが、本質は人間完成計画「フラスコ計画（試験管計画）」のための研究施設ということが作中で明らかになる。
箱庭学園のいわば本命は、十三組の生徒たちであり、彼らは登校すら免除されており、「フラスコ計画」への選抜を待つこととなっている。
通常の校舎に加え地下研究施設、植物園、旧校舎『通称「軍艦塔（ゴーストバベル）」』を持つ。ちなみに、軍艦塔の管理人をしているのは、めだかの兄である黒神 真黒である。
安心院なじみによって創立されたのは約百年前で、それ以前の前身は「黒箱塾」であった。
クラス構成
クラス構成は設定上の得意分野と「異常さ」が概ね判る親切な設計になっている。各学年13クラスであり、１～４組（普通科）、５，７，９組（体育科）、６，８組（芸術科）と１～９組は『通常/普通（ノーマル）』。ごく普通の人間が所属している。
10～12組は『特例/特別（スペシャル）』全般的により優秀な能力を持つ生徒たちが集められており、10組（特別普通科）、11組（特別体育科）、12組（特別芸術科）となっている。
そして、十三組には「異常選抜特別特待生」と呼ばれている『異常（アブノーマル）』が特待生として所属している。
上記に加え、後に不知火半袖の意見を聞き入れた不知火袴により『過負荷（マイナス）』の生徒を集めた「マイナス十三組」が新設される。
